Het Mnajdra tempelcomplex ligt aan de zuidwestkust van Malta boven de Hamrija Bank, op een terras in een rotsachtige helling op slechts 500 m afstand van de cultusplaats Ħagar Qim. Al in 1953 verscheen dit tempelcomplex op een postzegel van Malta.
Aan dit tempelcomplex is niet alleen een postzegel gewijd. Ook de Maltese euromunten van 1, 2 en 5 cent, die geslagen zijn in 2008, dragen een afbeelding van het Mnajdra complex op hun voorzijde.
Onder leiding van J.G. Vance werden in 1840 opgravingen aan het complex uitgevoerd. Dit was een jaar na de ontdekking van het Ħagar Qim complex.
In 1871 ontwierp James Fergusson het eerste – vrij onnauwkeurige – plan van de megalithische structuur. Albert Mayr maakte in 1901, op basis van zijn bevindingen, een veel nauwkeuriger plan. In 1910 voerde Thomas Ashby verder onderzoek uit hetgeen resulteerde in een verzameling van het meest belangrijke archeologische materiaal. Verdere opgravingen werden uitgevoerd in december 1949, waarbij twee kleine beelden, twee grote kommen, gereedschappen en een grote bolvormige steen, die waarschijnlijk werd gebruikt om de grote stenen van de tempel te verplaatsen, werden ontdekt.
Mnajdra en andere neolithische sites op het eiland Malta werden in 1992 toegevoegd aan de UNESCO-werelderfgoedlijst
Het complex bestaat uit drie tempels en ze zijn gebouwd met behulp van globigerina kalksteen. [Globigerina kalksteen is relatief zacht en is gemakkelijk om mee te werken. Het vormt een vrij resistent oppervlak bij blootstelling aan lucht]. Duizend jaar voordat de oude Egyptenaren de Grote Piramide in Gizeh bouwden, legden de neolithische bewoners van Malta reeds de stenen van de Mnajdra prehistorische tempels. We spreken hierbij over een periode van tussen 3600 en 2500 voor Christus. Daardoor worden deze tempels beschouwd als een van de oudste overgebleven vrijstaande structuren ter wereld.
De oudste, meest oostelijk gelegen tempel, heeft een eenvoudig vorm van een klaverblad en heeft 3 apsissen. [een apsis is een ronde of veelhoekige nis in b.v. een kerk]. De breedte van deze tempel is ongeveer 30 meter. Deze tempel dateert uit de Ggantija fase.
De zuidelijke tempel, uit de vroege Tarxien fase, heeft 4 apsissen. De tempel kijkt uit op de astronomische horizon en werd waarschijnlijk gebruikt als observatie- en kalenderplaats. Tijdens de twee jaarlijkse equinoxen [moment waarop de zon loodrecht boven de evenaar staat] schijnt het zonlicht door de hoofdpoort en verlicht de hoofdas. Bij de zonnewendes [het moment waarop de zon boven de keerkring staat] verlicht het zonlicht de randen van de megalieten links en rechts van deze poort.
Een bron uit de vroege jaren van de eenentwintigste eeuw speculeert dat de klavervorm van Mnajdra “het verleden, heden en toekomst (of geboorte, leven en dood) kan vertegenwoordigen”, terwijl de zonne-uitlijning zou kunnen betekenen dat “de energie van de zon ook een eervolle plaats krijgt in deze tempels”.
Door de ingang komt men in de eerste ovale tempelruimte. In de tweede achterliggende tempelruimte bevindt zich binnen de muren een kamer waarvan vermoed wordt dat ze dienst deed als orakelkamer.
De derde tempel, die op een soort verhoogd terras tussen de twee andere tempels is gelegen, heeft 4 apsissen en een nis. In deze tempel treft men twee altaren aan. Typisch voor de Mnajdra tempels zijn de puntvormige versieringen op de orthostaten en de altaren.
Het hele complex was lange tijd gesloten voor bezoekers nadat een orkaan in het voorjaar van 1994 delen ervan deed instorten.
Vervolgens werd Mnajdra op 13 april 2001 deels vernield, toen ten minste drie mensen gewapend met koevoeten ongeveer 60 megalieten omverwierpen of braken en hierop graffiti spoten. De aanval werd door UNESCO “de ergste daad van vandalisme ooit gepleegd op het eiland Malta” genoemd. De schade aan de tempels werd aanvankelijk als onherstelbaar beschouwd, maar ze werden hersteld met behulp van nieuwe technieken waardoor het zelfs moeilijk is om te zeggen waar de megalieten waren beschadigd. De tempels werden in 2002 heropend voor het publiek.
Net als het nabij gelegen Ħagar Qim werd het hele complex in 2009 bedekt met een permanente tentkoepel om het te beschermen tegen schadelijke omgevingsinvloeden.
